Le Musée de Schengen et l’Office de Tourisme sont gérés par le Centre Européen Schengen a.s.b.l., une association sans but lucratif fondée en 2004. Sa mission est de promouvoir le tourisme dans la région frontalière et d’assurer la gestion du musée. Au fil des années, le musée est devenu un centre reconnu de documentation et de sensibilisation, favorisant le dialogue, l’échange et la coopération internationale dans une perspective européenne. Son emplacement unique et son rôle dans la promotion de l’intégration européenne ont été officiellement reconnus en 2017, lorsque le musée et le village de Schengen ont reçu le Label du patrimoine européen.